- le Ministère de l’Agriculture et de la Pêche (MAP),

- le Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable et de l'Aménagement du Territoire (MEEDDAT),

- l’Assemblée Permanente des Chambres d’Agriculture (APCA),

- la Fédération des coopératives agricoles (Coop de France),

- la Fédération Nationale d'Agriculture Biologique des régions de France (FNAB),

- le Syndicat national des transformateurs de produits naturels et de culture biologique (Synabio).

L’Agence BIO s’inscrit dans une dynamique de développement, de promotion et de structuration de l’agriculture biologique française.

Un grand conseil d’orientation , qui rassemble l’ensemble des partenaires impliqués dans le développement de l’agriculture biologique française (administrations, offices agricoles, syndicats professionnels, instituts de recherche, organismes certificateurs, associations de consommateurs…).
Le grand conseil d’orientation est régulièrement tenu informé de l’état d’avancement des travaux de l’Agence BIO. Il donne son avis sur les orientations prises en matière de développement et de promotion de l’agriculture biologique.

Un conseil d’administration resserré, qui rassemble les acteurs les plus directement impliqués :

 - les pouvoirs publics : Ministère de l’Agriculture et de la Pêche, Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable et de l'Aménagement du Territoire

 - les structures professionnelles : APCA, Coop de France, FNAB, Synabio.