Pour être commercialisé comme issu de l’agriculture biologique, tout produit doit avoir été contrôlé et certifié par un organisme de contrôle agréé par les pouvoirs publics. Seuls certains distributeurs peuvent bénéficier d'une dispense (voir ici  les conditions).

A ce jour, les organismes de contrôle agréés en France sont Agrocert, Certipaq, Certisud, Ecocert, Qualité France et SGS.

Tout opérateur (agriculteur, préparateur, distributeur ou importateur) doit également déclarer son activité auprès des pouvoirs publics. Depuis 2003, cette notification se fait via l’Agence BIO.

Le ou les contrôle(s) annuel(s) (qui peuvent aller jusqu'à 4 ou 5 pour certains préparateurs) portent sur l’ensemble du système de production : parcelles agricoles, lieux de stockage, transformation, comptabilité matière, conformité des recettes et produits correspondants, garanties données par les fournisseurs, étiquettes…

Des prélèvements pour analyse peuvent être effectués afin de vérifier la non utilisation de produits interdits (pesticides, OGM…).

Un certificat est délivré par l’organisme certificateur pour les produits jugés conformes à la réglementation en vigueur au vu des résultats des contrôles.