Les produits de l’agriculture biologique respectent en premier lieu la réglementation générale concernant les produits agroalimentaires (notamment pour les aspects sanitaires et marchands).

Les règlements propres à l’agriculture biologique introduisent des règles supplémentaires qui peuvent influer sur les différentes composantes de la qualité des produits correspondants.

Ainsi les principales différences en faveur des systèmes de culture biologique mises en avant dans les publications scientifiques sont :

- moins de résidus de pesticides dans les aliments,
- moins de nitrates,
- une tendance à plus de matière sèche dans les produits et donc à un apport nutritionnel plus important à matière ingérée égale, notamment en vitamine C, fer, magnésium et phytomicroconstituants,
- une meilleure protection de l'environnement et un meilleur respect et entretien de la biodiversité à tous les niveaux.

D’autres éléments essentiels de la réglementation en agriculture biologique peuvent être cités :

- la non utilisation d’Organismes Génétiquement Modifiés,
- l’interdiction des pratiques ionisantes (irradiation des aliments),
- la très forte limitation des substances médicamenteuses allopathiques et des additifs,
- la limitation des traitements en transformation…