L’irradiation, aussi appelée « ionisation » ou « pasteurisation à froid » consiste à exposer les aliments à des rayonnements visant à réduire les micro-organismes dans le but d’assainir et d’allonger la durée de conservation. Par exemple, les abricots secs qui subissent une irradiation sont oranges, alors qu’ils sont bruns lorsqu’ils sont séchés naturellement. Ce procédé détruit les vitamines et les nutriments essentiels, et fait polémique sur le plan santé. Par conséquent, le cahier des charges de l’agriculture biologique interdit l’irradiation des aliments ou des semences, tel que spécifié dans le règlement européen : « Le traitement des denrées alimentaires ou des aliments pour animaux biologiques ou de matières premières utilisées dans les denrées alimentaires ou dans les aliments pour animaux biologiques par rayonnements ionisants est interdit. »
La pratique du gavage n’est pas autorisée par la règlementation européenne en agriculture biologique.
L’eau ne relève pas d’une production agricole, elle ne peut donc pas être certifiée en application de la règlementation européenne en agriculture biologique.
Les cultures doivent être réalisées dans le sol. Ainsi, la culture de plants dont les racines sont dans des substrats inerte ou stérile enrichis d’une solution ( billes d’argile par exemple) est interdite.
Pour les élevages bio, cela signifie que tous les animaux ont accès aux parcours extérieurs et que les ruminants pâturent dès que les conditions le permettent, mais également qu’une partie importante de l’alimentation animale provient de l’exploitation ou de la région. Le lien au sol, c’est également l’obligation pour les éleveurs d’épandre les effluents biologiques sur des surfaces agricoles biologiques afin d’utiliser au mieux les cycles naturels.
L’élevage hors sol est bien sûr interdit.